Pada September 2005, Aceh Monitoring Mission (AMM) melakukan pelucutan senjata GAM tahap pertama, dari empat tahap yang direncanakan. Pada tahap pertama GAM menyerahkan 279 pucuk senjata, tapi 36 pucuk senjata didiskualifikasi dan 17 pucuk senjata dipermasaahkan oleh pemerintah RI.
Sehingga jumlah senjata yang diterima pada pemusnahan tahap pertama itu hanya 226 pucuk. Sebagai konsekuensinya pada September 2005 Pemerintah RI juga melakukan penarikan 6.671 TNI dan 1.300 polisi non-organik dari Aceh.
Pelucutan senjata tahap kedua dilakukan Oktober 2005. GAM menyerahkan 291 pucuk senjata kepada AMM untuk dimusnahkan. Tapi jumlah tersebut 58 pucuk didiskualifikasi, hanya 233 pucuk senjata yang terima. Sementara pihak RI mempermasalahkan 35 pucuk senjata.
Penyerahan senjata oleh personel GAM kepada AMM untuk dimusnahkan di Lapangan Blang Padang, Banda Aceh.Sumber
Pelucutan senjata tahap kedua tersebut dilakukan di empat daerah yakni: Aceh Utara, Aceh Timur, Aceh Tamiang, dan Sabang. Sejalan dengan penyerahan senjata GAM tersebut, Pemerintah RI juga melakukan penarikan pasukan non organik tahap kedua dari Aceh yakni 6.097 TNI dan 1.050 polisi.
Dalam bukan November AMM juga melakukan peluncutan dan pemusnahan senjata GAM tahap ketiga. GAM menyerahkan 286 pucuk senjata, tapi 64 pucuk diantaranya didiskualifikasi, hanya 222 senjata yang diterima. Pihak Pemerintah RI mempermasalhkan 15 pucuk senjata.
Peluncutan tahap ketiga dilakukan di enam wilayah yaitu Aceh Jaya, Aceh Barat Daya, Nagan Raya, Aceh Selatan, dan Aceh Tengah. Sebagai tindaklanjutan pemusnahan senjata tersebut, 5.559 TNI dan 1.340 polisi non organik ditarik dari Aceh.
Selanjutnya tahap keempat pelucutan senjata dilakukan dalam bulan Desember 2005. GAM menyerahkan 162 pucuk senjata, tapi hanya diterima 142 pucuk, 20 pucuk senjata dinayatakan didiskualifikasi karena tidak memenuhi standar. Sedangkan senjata yang dipermasalhakan pemerintah RI hanya 4 pucuk. Menindaklanjuti itu pemerintah RI melakukan penarikan pasukan non organik tahap keempat di Aceh yang terdiri dari 7.628 TNI dan 2.150 polisi.
Dr Javier Solana, Perwakilan Tertinggi Uni Eropa untuk Kebijakan dan Keamanan Luar Negeri.Sumber
Dari empat tahap pelucutan senjata, total GAM menyerahkan 1.018 pucuk senjata, 178 diantaranya didiskualifikasi dan 840 diterima sesuaikan dengan jumlah yang disepakati dalam nota kesepahaman. Dari jumlah itu 71 pucuk senjata dipermasalahkan oleh pemerintah Indonesia. Sedangkan total pasukan non organik yang ditarik dari Aceh 31.681 orang, terdiri dari 25.890 TNI dan 5.791 polisi.
Perwakilan Tertinggi Uni Eropa untuk Kebijakan dan Keamanan Luar Negeri Dr Javier Solana menyambut baik keberhasilan pelucutan senjata GAM dan pemulangan TNI/Polri non organik dari Aceh. Pada 19 Desember 2005, dari Brussels secara khusus ia mengirim surat ke Aceh. Solana mengucap selamat kepada para pihak yang telah menunjukkan keinginan politik dalam proses rekonsiliasi ke arah stabilitas keamanan di Aceh.
Pada 30 Desember 2005, Solana kembali menyatakan kegembiraannya setelah keberhasilan penarikan TNI/Polri non organi selesai dilaksanakan. Pihak Uni Eropa menyatakan sangat puas atas kepatuhan pemerintah Indonesia terhadap nota kesepahaman Helsinki. GAM dan RI dikatakan Solana sudah berada pada jalur yang benar menuju perdamaian Aceh yang berkesinambungan.
Mayor Jendral Jaakko Oksanen, Wakil Kepala Misi AMM Bidang Operasi.Sumber
Wakil Kepala Misi AMM Bidang Operasi Manyor Jenderal Jaakko Oksanen, 17 Januari 2006 menyampaikan pidato di Lhokseumawe pada acara sosialisasi MoU Helsinki. Panglima Militer Provinsi Lapland, Finlandia itu mengatakan, semua pihak telah memenuhi persyaratan pertama dari nota kesepahaman Helsinki yakni pelucutan senjata GAM dan penarikan TNI/Polri non organik dari Aceh. Semua dilakukan bersama-sama dalam suasana bersahabat.
Pada tahap itu Oksanen mengatakan kepercayaan yang saling menguntungkan telah terbangun, yang menguntungkan dan menjanjikan hal baik bagi masa depan Aceh. Kemajuan tersebut membuahkan pengenalan terhadap rekonsiliasi yang diterima juga dengan baik di luar Aceh.