W momencie gdy poddajemy się refleksji nad problemem stosunku poznania do przedmiotu powstają głębokie i rozległe trudności. W momencie tym poznanie, które w sensie naturalnym jest czymś jasnym, staje się tajemnicą. Z powodów jasnych co do skuteczności poznania, poznanie naturalne cytując Husserla
"Nie ma żadnego powodu, by wogóle stawiać pytanie o możliwość poznania."
Husserl mówi o poznaniu w kategoriach ontycznych jako o zjawisku naturalnym i psychologicznym co daje podstawy do możliwości przebadania go na gruncie nauk naturalistycznych jako właściwość istot organicznych. Możliwy jest według niego zatem opis strukturalny i genetyczny poznania u różnych osobników. Przechodząc dalej dopiero w momencie przeciwstawienia poznania z czystą logiką i ontologią powstają najgłębsze problemy zawierające w sobie możliwość poznania przedmiotu. Zakłada on że poznanie jest przeżyciem psychicznym co jest dosyć zrozumiałe; lecz w jaki sposób poznanie może wykroczyć poza siebie i w sposób niezawodny opisać obiekt fizyczny? W sensie naturalistycznym bycie danym obiektu poznania w poznaniu jest niejasne. Rzecz która jest przeze mnie postrzegana musi być dana bezpośrednio. Mogę ją oglądać i dotknąć, lecz postrzeganie jest tylko i wyłącznie przeżyciem świadomego podmiotu. Podobnie jest z moimi wspomnieniami oraz różnego rodzaju aktami myślenia co daje mi bezpośrednio sposób dojścia do poznania bytu, lecz cytując Husserla
"Skąd ja, poznający, wiem i skąd mogę w sposób wiarygodny wiedzieć, że istnieją nie tylko moje przeżycia, owe akty poznawcze, ale również i to, co one poznają, że wogóle jest coś, co jako obiekt można by przeciwstawić poznaniu?"
Przy tego typu problematyce nawet sama logika staje się problematyczna. W myśleniu naturalnym logika oczywiście zachowuje swoją trwałość i niezaprzeczalną pewność, lecz jeżeli człowiek ukształtował się na drodze ewolucji poprzez dobór naturalny, a co za tym idzie jego intelekt i wszystkie jego formy, w tym formy logiczne, to czy nie jest tak, że należy to wszystko do intelektualnej sfery człowieka i w przyszłości może przybrać inne formy? Poznanie według Husserla jest więc poznaniem ludzkim bazującym na jego intelektualnej sferze, która mogła być inna gdyby tylko dobór naturalny faworyzowała inne formy ewolucyjne; niezdolne jest przy tym do poznania rzeczy samych; rzeczy samych w sobie. Powstaje następnie nowy problem związany z uniwersalnością poglądów. Czy jeżeli posługujemy się tego typu poznaniem, to czy zachowuje ono swoją uniwersalność skoro prawa logiczne ulegają takiej relatywizacji? Widać wyraźnie, że gdy wnikamy w problematykę poznania porzucając podejście naturalistyczne błądzimy w labiryncie sprzeczności. Dziedzina, która bada tego typu problematykę to teoria poznania inaczej epistemologia. Podchodzi ona sceptycznie co do natury poznania naturalnego i obiektywności bytu poznania. Dzięki niej będziemy w stanie - jeżeli tylko opracowane zostaną wystarczające do tego metody - do krytyki wniosków naturalistucznych w stosunku do bytu, który jesteśmy w stanie poznać zmysłowo i intelektualnie. Gdy tylko skupimy swoje myśli nad epistemologią poznania i przedmiotu poznania, będziemy mieli wtedy do czynienia z fenomenologią poznania i przedmiotu poznania, co da nam podstawy pod całkowicie nowy sposób myślenia o fenomenologii.