Nama Tapaktuan sendiri diambil dari adanya sebuah situs tapak sepanjang 6 meter dan lebar 2,5 meter, yang dipercaya milik Tuan Tapa, seorang pertapa di Gunung Tuan.
Kisah asal usul Kota Tapaktuan diwariskan dari mulut ke mulut dan turun-temurun. Alkisah, sepasang naga yang terusir dari daratan China menetap di sebuah teluk yang kini menjadi Kota Tapaktuan. Sepasang naga ini tidak memiliki keturunan, dan sangat ingin memiliki bayi.
Suatu ketika, mereka menemukan bayi manusia berjenis kelamin perempuan terapung di tengah laut. Keduanya memutuskan merawat bayi itu sampai dewasa. Setelah hampir 17 tahun, bayi itu menjadi remaja cantik. Kabar tentang sepasang naga yang memiliki anak manusia nan cantik jelita terdengar sampai ke istana Kerajaan Asralanoka. Raja dan permaisuri yakin anak yang bersama sepasang naga itu adalah putrinya yang hilang di lautan 17 tahun silam.
Sang raja berlayar ke Teluk Tapaktuan, menemui kedua naga untuk melihat langsung anak perempuan yang sekian tahun dirawat. Sang raja yakin itu anaknya yang hilang, dan meminta sang naga menyerahkannya.
Raja dan permaisuri menculik anak itu, membawanya ke kapal dan membawanya pulang. Kedua naga murka, mengejar kapal sang raja di tengah samudera. Perkelahian tak terhindarkan.
Perkelahian berlangsung beberapa hari, dan mengusik ketenangan seorang pertapa di Gua Kalam. Tuan Tapa, demikian nama pertapa itu, berusaha melerai. Ia meminta kedua naga melepas anak itu.
Kedua naga tetap menolak, dan menantang Tuan Tapa berkelahi. Tuan Tapa tak butuh waktu lama untuk mengalahkan kedua naga. Raja Asralanoka akhirnya bisa membawa pulang putrinya ke istana.
Namun, raja dan rombongan justru memilih menetap di Teluk Tapaktuan. Anak yang dibesarkan sang naga dikenal dengan nama Putri Naga, dan menjadi nenek moyang penduduk Tapaktuan.
Sampai kini, Tapaktuan yang berpenduduk 22 ribu jiwa, kerap disebut sebagai Kota Naga. Setiap pekan, wisatawan lokal mengunjungi tapak raksasa.