Osmanlı İmparatorluğu’nun dünyanın dört bir köşesine hükmetmesiyle dünyanın dört bir yanından Saray Hazinesine gelen el yazısıyla yazılmış kitaplar, bugün Topkapı Sarayı Müzesi’nin en değerli eşyaları arasındadır.
Topkapı Sarayı Müzesi Kütüphanesi, Yeni Kütüphane adı verilen bir binada, bu tür binlerce el yazması içermektedir. Müzeye dönüştürüldükten sonra satın alma ve bağış yoluyla elde edilen el yazmaları ‘Yeni Gelen El Yazmaları’ olarak kayıtlara girilir. Kütüphanede ayrıca Türk hattatlarının kaligrafik örneklerinden oluşan bir bölüm bulunmaktadır. Kaligrafi sanatının araçları da burada sergileniyor.
Kütüphanede yaklaşık 14.000 el yazması bulunmaktadır. İslami temsil sanatının geniş bir coğrafyaya yayılmış çeşitli okul ve üslupların özelliklerini sergileyen, çoğu Hazine Kütüphanesinde bulunan 18.000’e yakın minyatür bulunmaktadır. Arap, Selçuklu, Moğol (İlhanlı), Timurlu, Özbek, Karakoyunlu ve Akkoyunlu Türkmenlerinin en güzel eserlerini temsil eden minyatür albümleri ve kitapları, Safevi, Memluk ve Osmanlı saray hattatları saray kütüphanesinin en değerli bölümünü oluşturmaktadır. Yaklaşık 600 albümdeki minyatürleri ve bilim, tarih, din ve edebiyat kitaplarıyla Topkapı Sarayı Müze Kütüphanesi, dünyanın en zengin koleksiyonlarından birine sahiptir. Tarihi boyunca İslam dünyasının önde gelen sanatseverleri için armağan, yağma ve satın alma yoluyla üretilen ışıklı elyazmalarından oluşan saray koleksiyonu, kendilerini kitap sanatına adamış tüm Osmanlı padişahlarından bahsetmeden saray sanatçılarının ürettiği eserlerle daha da zenginleştirildi.
Sarayda her biri kendine has üslubu, renk sırları, mekan ve bakış açısıyla ilgili görüşleri olan yüzlerce sanatçının çalıştığı ve aralarında rekabetin şiddetli olduğu iyi bilinmektedir. Çağdaş tarihçiler, hanedan mensuplarının ve üst düzey saray görevlilerinin, çeşitli vesilelerle padişaha hediye olarak sunmak üzere minyatür eserler alıp topladıklarını da yazarlar. Düğün ve sünnet alaylarının çağdaş tarih ve albümleri, padişahların özellikle bu tür bayramlarda, bayramlarda ve askeri seferlerden döndüklerinde çok sayıda nadir kitap aldıklarını bildirmektedir. Saray kütüphanesindeki el yazması eserlerin çoğu, sadrazamların, bakanların ve mirasçı bırakmayan ya da görevden alınan ya da idam edilen diğer üst düzey devlet adamlarının ölümünün ardından saray tarafından değerli eşyaların tahsis edilmesiyle elde edildi.
Kayıtlara kadarıyla, Sultan Ahmed dönemine kadar günün kamu yönetimi Enderun, yüksek okul, hizmet veren bir kütüphane vardı. Ahmed III, ilk kütüphaneyi kuran ve kitaplarla donatan ilk padişahtı. Enderun hadımlarının saray hazinesindeki kitaplardan yararlanabilmeleri için yaptırdığı bu kütüphane 1718 yılında açılmıştır. Daha sonra kütüphanecilik kavramının gelişmesiyle birlikte saray Mahrem Odasını çevreleyen köşklere Hazineden bazı kitaplar miras bırakıldı. Bu kütüphaneler 18. yüzyılda IV. Murad döneminde Revan ve Bağdat Köşklerinde kurulmuştur.
Saray kütüphanesinde Türkçe, Farsça ve Arapça eserlerin yanı sıra bazıları minyatür olmak üzere Yunanca, Latince, Ermenice, Sırpça, İbranice ve Asurca el yazmaları da bulunmaktadır. Bu kitaplar zaman zaman sergilenmektedir. Akademisyenler bu paha biçilmez kütüphaneyi kullanmak için çalışma alanlarını anlatan bir başvuruyu Müze ve Kültür Varlıkları Genel Müdürlüğü’ne göndererek randevu alabilirler. Fehmi Ethem Karatay’ın islami el yazmaları ve D. Adolf Deissman’ın islami olmayan eserlerinin kapsamlı katalogları da mevcuttur.