Qobustan adının mənşəyi və anlamı barədə müxtəlif fikirlər mövcuddur. Ən əsas fikrlərə görə Qobustan qobular diyarı kimi adlandırılaraq sonu görünməyən ucsuz-bucaqsız düzənliklər, sayı bilinməyən təpələr arasında torpaq uçqunlarıdan əmələ gəlmiş yarğanlar və dərələrələrdən ibarət qədimdə insanların yaşadığı bir yerdir.
Türk dillərində də qobu (kobu) sözü boşluq, yarğan anlamına gəlməkdədir.
Digər bir farsca verisyaya görə isə Qobustan sözü Gavistan şəklində olmuşdur. Farscada "gav" öküz "stan" isə yer bildirən diyar anlamında işlədilir. Bu olduqda bu yerlər "Öküzlər diyarı" şəklində şərh edilməkdə olub, vaxtilə Qobustan ərazisində çoxlu çöl öküzü yaşamasını əsas götürmüşlər. Əsrlər keçdikcə bu heyvan cinslərinin bir hissəsi məhv olmuş, bir hissəsi isə əhliləşdirilərək qədimdən bu ərazidə heyvandarlığın olduğuna bir nümunə olmuşdur.
Digər bir versiya da isə buranın adı Kəbristan kimi göstərilməkdədir. "Kəbr" oda sitayiş edən deməkdir. Bu versiyaya görə, qədimdə bu ərazilərdə atəşpərəstər yaşamışdır və ona görə də ərazi Kəbrstan adlandırılmışdır.
Qobustan haqqında bilinən və bilinməyən qədim dünyaya aid sirlər mövcuddur. Bir qrup Azərbaycan, Türk alimləri bu əraziləri ararşdıraraq bu ərazilərin qədimdə uzayla əlaqələrinin olduğu iddiası da irəli surülmüşlər.
