三元九运是中国划分大时间的方法，自古便记载于黄历上，并结合干支历使用，多用于风水学上。
中国古代先民仰观天文，俯察地理，经过漫长时期的观测，发现太阳系各大行星的运转规律与地球上的自然和人事现象的运动变化规律之间存在着某种内在规律性联系，特别是木星和土星的运行规律对地球影响很大。古人洞悉这一天机，以一百八十年作为一个正元，每一正元包括三个元，即上元、中元、下元；每元六十年，再分为三个运，每运为二十年，即上元是一运、二运、三运，中元是四运、五运、六运，下元是七运、八运、九运，从而构成了完整的三元和九运体系。
中国古代科学家们观测发现，土星与木星每隔二十年就要相会一次，处在一条直线上。当土、木二星相会时，地球上往往会发生一些重大的地质灾难和自然灾难，人们的行为也会出现某种明显的异常反应。观察、研究还发现，土星、木星与水星每隔六十年就要在一条直线上相会一次，并且，每隔一百八十年，太阳系的九大行星就会同处于太阳的一侧，分布在一个小的扇面内，形成九大行星的大会合，古代天文学家称其为“九星连珠”。这种天体运行规律循环往复，永不改变。古人洞悉这一天机，创立了划分时间的“三元九运”体系：以一百八十年作为一个正元，每一正元分为上元、中元、下元；每元六十年，再分为三个运，每运为二十年，即上元是一运、二运、三运，中元是四运、五运、六运，下元是七运、八运、九运。
此外，北斗七星（实际为九星，包括左辅星和右弼星）的运行规律与地球上自然现象和人事吉凶之间存在某种相应的暗合关系。在三元九运的不同时间，都有其中一颗星起着主导作用，并且，每颗星对地球发挥作用的时间正好为二十年。古代先贤们将北斗九星分别取名为贪狼、巨门、禄存、文曲、廉贞、武曲、破军、左辅、右弼星，并确定了三元九运中每一运的二十年由哪颗星主事，即以二十年作为一运，由北斗九星轮流掌管。以此为基础，通过三元九运与洛书九宫、北斗九星、以及九气间的有机结合，建立和发展了一套“时”与“空”统一的、可以推算阳宅运气和人的吉凶祸福的较为完备的玄空风水理论
上元一运甲子癸未二十年，配合一白，叫一白运。
上元二运甲申癸卯二十年，配合二黑，叫二黑运。
上元三运甲辰癸亥二十年，配合三碧，叫三碧运。
中元四运甲子癸未二十年，配合四绿，叫四绿运。
中元五运甲申癸卯二十年，配合五黄，叫五黄运。
中元六运甲辰癸亥二十年，配合六白，叫六白运。
下元七运甲子癸未二十年，配合七赤，叫七赤运。
下元八运甲申癸卯二十年，配合八白，叫八白运。
下元九运甲辰癸亥二十年，配合九紫，叫九紫运。
“上下四方为宇，往古来今为宙，宇和宙分别是指空间和时间”。人生只是宇宙中的一部分，而且是极其渺小的一部分，时间的碾轮推送着我们不断向前，我们所居住的星球就是这样的一个时间大轮子。木星环绕太阳一周约十二年，土星环绕太阳一周约三十年。木星与土星大约二十年会合一次，两大星球的会合，会以我们意识不到的方式对我们施加种种影响。所以玄学家们以二十年来划分一个元运。玄空飞星一派就是认为二零零四年是下元的八运的新开始，我们正进入一个新的时代之中，这个时代中房地产、农牧业等相关土行的行业会更繁荣，宗教玄学昌盛，社会的管理者会越来越年轻化，年青的男子比较容易获得成功……。这一切都是时空的变化所造成的。
人生如此般的渺小，而我们的先贤们居然能够窥知无限宇宙之真理，并创造了伟大的“三元九运”的时空划分方法，这是人所创造的“神迹。”六十干支就是十天干配十二地支，组成了六十对天干配地支的组合，我们称之为“六十甲子。”一个甲子六十年，六十刚巧又是木星公转十二年和土星公转三十年的最小倍数。六十年也是土、木、水三颗行星的会合周期。三个甲子合计为一百八十年，一百八十年太阳系九大行星同处于太阳的一侧，分布成一个扇面形状，形成了九星大会合。二十年一小运，六十年是一个元，三个元合计九个小运。
三元九运中的元和运都是六十甲子代表不同的能量气场的符号，一、二、三、四、五、六、七、八、九说的是一坎水、二坤土、三震木、四巽木、五黄土、六乾金、七兑金、八艮土、九离火。在“洛书九宫”中，五黄土占据中央，八卦依照某种次序分布周围，它们不只是卦，它是宇宙中的不同的信息场。有观点认为，“洛书九宫”是史前文明，而据此发明的“三元九运”则反映了一种消长原理，宇宙间的这种能量信息会随着时间的运行而发生周期性的变化，周而复始。
“三元九运”以每五百四十年为一个大元，每一百八十年为一个正元，每一个正元又可分为三个单元，分别是上、中、下三元，每一元又可分三个运。在不同的元运时间的变化之中，相同的空间会有不一样的气场变化；在相同的元运时间中，不同的空间会有不一样的气场变化。
玄空派风水中，元运的飞星便是旺星财星，2004年—2023年下元八运中，艮卦，八白左辅星所到之处，便是当时得令财；2024年—2043年下元九运中，离卦，九紫右弼星所到之处，便是当时得令财；2044年—2063年上元一运中，坎卦，一白贪狼星所到之处，便是当时得令财。因此从宅运上来看，“到山到向”的下元八运的坐未向丑和坐丑向未的房宅便是立的最旺的卦线。在流年风水中，八白所到的宫位便是这一年里的旺财位。如果你入住了八运的到山到向的楼，又流年布置合法，风水认为必主兴旺大发。
现将最近“三元九运表”列出：
- 上元
一运1864年--1883年（甲子年至癸未年）二运1884年--1903年（甲申年至癸卯年）三运1904年--1923年（甲辰年至癸亥年）
- 中元
四运1924年--1943年（甲子年至癸未年）五运1944年--1963年（甲申年至癸卯年）六运1964年--1983年（甲辰年至癸亥年）
- 下元
七运1984年--2003年（甲子年至癸未年）八运2004年--2023年（甲申年至癸卯年）九运2024年--2043年（甲辰年至癸亥年）注意：以上公历年份和干支历年份只是大概对应关系，公历和干支历的年份起点不同。