Oh ja natürlich. manchmal erscheinen mir solche Sachen recht klar. sorry.

Folgendes, jQuery ist ja locker 10 Jahre alt, damals war es nicht in jedem Browser möglich Query Selektoren auszuführen.

Query Selektoren sind ".css-class .css-class"

Mittlerweile ist das aber nativ in jedem Browser möglich.
Erklärung:
https://developer.mozilla.org/de/docs/Web/API/Document/querySelector

Nun, d.h. anstatt $('.css-class .css-class') kannst du auch document.querySelectorAll('.css-class .css-class') machen.
Unter dem Mozilla Link findest du weitere Beispiele.

Wie du siehst ist querySelector und oder querySelectorAll mittlerweile überall unterstützt:
https://caniuse.com/#search=querySelector

Wieso native nutzen?

Das ist einfach, es ist schneller. jQuery hat einige Abfragen ob die API unterstützt wird, hat eigene Selektoren eingeführt wofür extra Parser gebaut sind. Wenn du nun jQuery weglässt nutzt du die direkte Browser Engine ohne weitere JavaScript Schicht.
Zusätzlich hast du natürlich die Ladezeit von jQuery nicht. jQuery ist einmal nicht klein und zweitens registriert es ja auch Events. Das ganze onload, domready etc ... all das kostet Zeit.

Ich hoffe das hilft ein wenig zum Verständnis ;-)