Lembaga Pendidikan Islam Ma‘hadal Ulum Diniyyah Islamiyyah Mesjid Raya (MUDI Mesra) berlokasi di Desa Mideun Jok Kemukiman Mesjid Raya, Kecamatan Samalanga, Kabupaten Bireuen Provinsi Aceh. Dayah MUDI Mesjid Raya ini telah didirikan seiring dengan pembangunan Mesjid Raya yang peletakan batu pertamanya dilakukan oleh Sultan Iskandar Muda (1607-1636 M). Pimpinan dayah ini yang pertama dikenal dengan nama Faqeh Abdul Ghani. Namun sayang khazanah ini tidak tercatat, berapa lama beliau memimpin lembaga ini, dan siapa penggantinya kemudian.
Barulah pada tahun 1927, dijumpai secara jelas
catatan tentang kepemimpinan Dayah ini. Dari tahun ini Dayah dipimpin oleh al-Mukarram Tgk. H. Syihabuddin bin Idris dengan para santri masa itu berjumlah 100 orang putra dan 50 orang putri. Mareka diasuh oleh lima orang tenaga pengajar lelaki dan dua orang guru putri. Sesuai dengan kondisi zaman pada masa itu, bangunan asrama hunian para santri merupakan barak-barak darurat yang dibangun dari bambu dan rumbia.
Setelah Tgk. H. Syihabuddin bin Idris wafat pada tahun 1935 Dayah dipimpin oleh adik ipar beliau al-Mukarram Tgk. H. Hanafiah bin Abbas atau lebih dikenal dangan gelar Tgk. Abi. Jumlah pelajar pada masa kepemimpinan beliau sedikit meningkat menjadi 150 orang putra dan 50 orang putri. Kondisi fisik bangunan asrama dan balai pengajian tidak berbeda dengan yang ada pada masa kepemimpinan Almarhum Tgk. H. Syihabuddin bin Idris, masih berbentuk barak-barak darurat. Dalam masa kepemimpinan beliau, tugas memimpin dayah sempat diperbantukan kepada Tgk. M. Shaleh selama dua tahun, yaitu ketika beliau berangkat ke Mekkah untuk menunaikan ibadah Haji dan menimba ilmu pengetahuan.
Setelah Almarhum Tgk. H. Hanafiah wafat (1964 M) pesantren tersebut dipimpin oleh salah seorang menantu beliau, yaitu Tgk. H. Abdul Aziz bin M. Shaleh. Almukarram yang kerap disapa dengan panggilan Abon ini digelar “al-Mantiqi” karena spesialisasi beliau dalam bidan logika. Beliau adalah murid dari Abuya Muda Wali pimpinan Dayah Bustanul Muhaqqiqin Darussalam Labuhan Haji Aceh Barat.
Semenjak kepemimpinan beliau, pesantren tersebut terus bertambah muridnya terutama dari Aceh dan Sumatera. Dari segi sarana dan prasarana pun sudah mengalami perkembangan. Pembangunan tempat penginapan mulai diadakan perubahan dari barak-barak darurat kepada asrama semi permanen berlantai dua dan asrama permanen berlantai tiga. Untuk pelajar putri dibangun asrama berlantai dua yang dapat menampung 150 orang sandri di lantai dua, sedangkan lantai dasar digunakan untuk mushalla.
Setelah Tgk. H. Abdul ’Aziz bin M. Shaleh wafat pada tahun 1989, pergantian kepemimpinan dayah ini ditetapkan melalui kesepakatan para alumni dan masyarakat. Setelah melalui permusyawaratan, para alumni mempercayakan kepemimpinan dayah kepada salah seorang menantu Abon, yaitu Tgk. H. Hasanoel Bashry bin H. Gadeng. Beliau adalah murid senior lulusan dayah itu sendiri yang sudah berpengalaman mengelola kepemimpinan dayah semenjak Abon mulai sakit-sakitan.
Di masa kepemimpinan Abu MUDI, dayah tersebut mengalami kemajuan yang pesat. Jumlah pelajar yang menuntut ilmu pada dayah tesebut semakin bertambah. Para pelajar ini datang dari berbagai daerah baik dari dalam maupun dari luar Provinsi Aceh.
Pimpinan Dayah MUDI Mesjid Raya dari masa ke masa
