Les traces d'une occupation humaine ancienne sont attestées par le menhir de la Pierre blanche et la découverte de deux pirogues monoxyles en 1993 et 1994 sur les berges et un banc de sable de la Loire. La première des deux a été datée entre -2138 et - 1747.
Au lieu-dit le Pont-Noyer, la voie romaine Orléans-Tours-Nantes-Brest franchissait le Hâvre (à proximité immédiate du franchissement actuel par l'autoroute A11). Selon Albert-le-Grand, "vers l'an 368, sous l'épiscopat d'Arisius évêque de Nantes, une église paroissiale fut édifiée par ses soins à Oudon".
En 846, Nominoë, duc de Bretagne, aurait bâti un premier château à Oudon.
L'acte de fondation du prieuré de Chasteau-Ceaulx (Champtoceaux), daté de 1038, nomme explicitement trois seigneurs d'Oudon - Amauricus de Odonio, Radulfus de Odonio, Johannes de Uldono - et fait référence à un château sur les rives de la Loire et du Hâvre. Le 27 septembre 1137, Guillaume, seigneur d'Oudon, fait don, en présence de Brice évêque de Nantes, à l'abbaye de Saint-Aubin d'Angers de l'église paroissiale et d'un terrain pour y fonder un prieuré, le prieuré Saint-Benoît, sur une colline surplombant le Hâvre, connue depuis sous le nom de côte Saint-Aubin. Vers 1140, Geoffroy (ou Gaufrid), frère de Guillaume d'Oudon, grièvement blessé à Champtoceaux dans l'armée du comte d'Anjou et sentant sa fin venir demanda à prendre l'habit de moine en échange de quoi il offrait aux moines d'Oudon un moulin sur la Loire, une pêcherie, un complant de vigne et tous ses prés de Vieille Cour.
La Tour d'Oudon, Donjon, Loire Atlantique, Vallée de la Loire.
Par sa position et son château, Oudon était une importante pièce défensive de la Marche de Bretagne, faisant face à la citadelle de Champtoceaux en Anjou, le château contrôlait le trafic fluvial et avec celui d'Ancenis, verrouillait le passage vers Nantes. Oudon, comme Ancenis est ainsi plusieurs fois assiégé : notamment en 1174 par Henri II Plantagenêt, en 1214 par Jean sans Terre et en 1230 et 1234 par Louis IX .
La seigneurie d'Oudon passe à une branche cadette la maison de Châteaugiron par l'union d'Amice fille et héritière de Geoffroi seigneur de Beaumortier et d'Oudon et de Béatrice de Vritz avec Galéran II de Châteaugiron (mort après 1298) seigneur d'Amanlis[12].Leur lignée perdure jusqu'aux frères Jean et Julien qui sont dépossédés par le roi François Ier de France en 1526 pour « brigandage et fausse monnaie ».
Dans le cadre du duché de Bretagne, la paroisse est située dans le diocèse de Nantes, plus précisément dans le Pays nantais[Note 4], pays historique de Bretagne. Le 5 avril 1789, les habitants, sous la présidence de Gilles Fouchard, avocat à la cour et sénéchal de la juridiction d'Oudon, élisent quatre d'entre eux pour porter leurs doléances. Leur cahier de doléances fait état "d'une paroisse fertile en grains, possédant de belles prairies, un agréable vignoble et quelques landes peu étendues.En 1791, le prieuré de Saint-Aubin est vendu comme bien national pour un montant de 14 600 francs.
Durant la Seconde Guerre Mondiale, le pont de Champtoceaux, qui permet de franchir la Loire, constitue un objectif militaire. Il est une première fois endommagé par l'armée française en juin 1940 qui a tenté de le faire sauter pour freiner l'avance des Allemands mais ceux-ci parviennent à y rétablir la circulation dès octobre 1941. Les 20 et 22 juillet 1944, le pont est visé par les bombardements alliés, ce qui provoque des dégâts jusqu'aux Folies Siffait au Cellier, mais seule une pile s’effondre. Ce sont finalement les Allemands qui le feront sauter le 8 août. Remplacé provisoirement par une passerelle Bailey, il ne sera reconstruit qu'en 1976.