La PCR (et donc la RT-PCR) est un test extrêmement fiable. Cependant, devant les nombreuses interrogations suscitées par le diagnostic du COVID, il paraît intéressant, trois mois après le début de l'épidémie, de récapituler rapidement les éléments qui ont été prouvés par des recherches portant sur l’application de la RT-PCR dans le contexte spécifique de cette maladie. D’autres éléments pourront venir s’ajouter dans les semaines et mois qui viennent.
Les informations suivantes sont apportées par une étude approfondie1 réalisée sur un groupe restreint de patients aux symptômes modérés (aucun cas graves ni sévères) et publiée dans la revue Nature en Avril 2020.
La charge virale est importante et systématiquement détectée chez tous les patients lorsque le test est réalisé précocement (excellente sensibilité du test jusqu'au 5e jour de la première semaine des symptômes —que le prélèvement soit réalisé par voie oropharyngée ou par voie naso-pharyngée—. La charge virale moyenne retrouvée sur l'ensemble de l'échantillon prélevé (totalité du swab) était d'environ 650 000 copies/échantillon.
Au-delà, la sensibilité des échantillons naso-pharyngés et oropharyngés chute à 40-50% (ce qui est concordant avec la nécessité pratique de parfois renouveler le test chez les patients vus tardivement présentant les symptômes, mais dont le test par RT-PCR revient initialement négatif).
La sensibilité des échantillons de crachats (ou de LBA) reste élevée jusqu'à J8-J10.
Il existe une réplication différentielle séparée: en oro et naso-pharyngé plus facilement détectable jusqu'à J5 au moins, et au niveau respiratoire profond (pulmonaire) plus facilement détectable jusqu'à J8-J10 au moins. (gorge d'abord, poumons ensuite).
La culture cellulaire à partir d'échantillons naso-pharyngés, oropharyngés ou des crachats est possible les 8 premiers jours, elle devient extrêmement difficile au-delà, y compris lorsque la charge virale demeure élevée.
La réplication virale est établie au niveau oropharyngé (gorge) jusqu'au 5e jour (ce qui est concordant).
Dans les 5 premiers jours, la détectabilité (positivité) de la charge virale en oropharyngé, naso-pharyngé, et dans les crachats semble équivalente. Au-delà, elle chute fortement en respiratoire haut, mais reste relativement importante en respiratoire bas au moins jusqu'au 8ème-10ème jour.
Il est probable que la charge virale soit donc maximale juste avant l’apparition des premiers symptômes, puis les 5 jours après le début des symptômes.
Parmi les patients étudiés, le dernier prélèvement positif par RT-PCR avait été prélevé au 28e jour après le début des symptômes. La RT-PCR ne donne en elle-même aucune indication sur le fait que le virus retrouvé soit mort ou vivant, cependant par précaution il apparaît nécessaire de continuer à isoler (ou au moins protéger leur entourage en leur faisant porter un masque et des gants) les patients COVID même après disparition des symptômes (pendant 10 jours).
La plupart des patients semblent avoir dépassé le pic de réplication dans le tractus respiratoire supérieur (gorge, oro et nasopharynx) au moment de la réalisation du premier prélèvement (donc au moment de la première consultation). En revanche l'hébergement du virus et sa réplication au niveau du tractus respiratoire inférieur persistent pendant toute la première semaine. Il est à noter que ces éléments sont vrais dans le cadre d’un COVID léger uniquement.
Ces éléments suggèrent (au-delà d'une détection optimale par prélèvement respiratoire haut) une réplication et une contagiosité importante au niveau du tractus respiratoire supérieure en début de maladie alors que les symptômes sont encore plutôt limités (maux de gorge, impression de nez pris, etc.)
La séroconversion qui intervient entre J5 et J15 n'est pas concomitante d'une diminution brutale de la charge virale (et donc à la fin de la réplication virale) retrouvée dans les prélèvements du tractus respiratoire inférieur. Celle-ci commence à diminuer de façon lente mais régulière à partir de la séroconversion, ce qui laisse également la question ouverte quant au type d'immunité conférée (partielle?).
La persistance de la charge virale dans les prélèvements respiratoires bas permet également l'élaboration d'une recommandation pour l'autorisation du renvoi à domicile, lorsque la charge passe en dessous de 100 000/ml et au-delà du 10e jour (risque diminué de contagiosité: la culture virale est négative en dessous d'un million de copies par ml de crachats ou de LBA).
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1 1. lfel RWX, Corman VM, Guggemos W, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. March 2020:1-17. doi:10.1038/s41586-020-2196-x.
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