兩千多年前，徐福東渡日本。從此，徐福便與日本緊密聯繫在一起，日本人尊稱其為農耕神、蠶桑神和醫藥神。在日本民間，廣泛流傳着徐福是日本神武天皇的傳説。
那麼，徐福真的是日本神武天皇嗎？徐福為何在日本沒有留下文字？日本的專家學者是這樣説的：
1994年初，日本昭和天皇的弟弟三笠宮親王在參加香港徐福會成立的賀詞中寫道：「徐福是我們日本人的國父，乃日本的立國者神武天皇」。
同年月26日，日本首相羽田孜在參加日本作家飯野孝宥的著作《彌生的日輪——徐福與日本天皇世系考》出版紀念會上公開表示，「我的祖先是中國人哩，他們是隨徐福一起東渡日本的。」在日本語中，羽與秦的發音是一樣的，羽田首相自稱為徐福子孫。
日本學者家永三郎在其著作《日本文化史》中寫道：「今日日本人之大多數，乃琅琊人之後裔。」曾任日本寶冢市議長的久武親人在《秦長曾我部舊家記》中寫道：「久武家之祖先是徐福，徐福之十五代孫河勝廣隆因戰功由天皇賜姓秦。」
不少日本人認為自己是徐福後裔，認為徐福就是神武天皇，他們有什麼證據？
日本最早記錄徐福事蹟的是《富士古文書》和《神皇正統記》，據這兩本古籍記載，當年的富士山被稱之為「不死山」、「不二山」，徐福為求得長生不老藥來到富士山。
徐福來到日本後，居住在了富士山的東北麓。不久之後，徐福次子福萬奉命移居到紀州熊野，徐福子孫在熊野開墾荒地、養蠶織絹。徐福因為教會日本人種植水稻、養蠶織絹，因而被日本人稱為「農耕神」、「蠶桑神」。
徐福子孫不斷繁衍，大量居住在日本山犁縣的富士吉田市和歌樂山的新宮市以及佐賀縣的佐賀市，這三個地方仍然是今天徐福後裔的聚居地。
日本流傳至今最早的正史《日本書記》記載，日本最早的創國者是磐餘彥天皇，磐餘彥天皇就是日本神武天皇。神武天皇自海外而來，駕駛着鷁鳥船降落日本島。根據這種記載描述，神武天皇極有可能就是徐福，因為日本不可能擁有中國才有的鷁鳥船。
對於這種觀點，日本學者飯野孝宥在其著作《彌生的日輪——徐福與日本天皇世系考》一書中，着重對鷁鳥船進行了研究，並且對徐福就是日本天皇的論斷給予了支持與肯定。
明治維新時期，日本著名的考古學家、古人類學家鳥居龍藏通過對中國東南沿海一帶居民體質和風俗的研究，又深入到川、滇、黔一帶挖掘古人類習俗傳承歷史。
經過嚴謹的人類學、考古學研究分析，最終認定日本有不少人口來源於中國東南沿海，從文化習得性與傳承的角度分析，徐福成為日本人開化始祖的可能性是非常大的。
那麼，按照日本專家的説法，既然徐福是日本神武天皇，為何沒有留下任何文字？
在朝鮮半島南部臨海的崖石上，刻着「徐市過此」和「徐市起拜」八個字，而在日本卻沒有找到徐福留下的一個字。有日本學者指出，這是徐福絕秦的表現，徐福東渡日本就是要與秦始皇斷絕關係。
在這個問題上，日本學者林羅山（1583-1657）的解釋相對來説更為可觀、可信，《林羅山文集》記載，「徐福之來日本，在焚書坑儒之前六七年矣，提蝌蚪、篆蘆葦，漆竹牒，時人知者鮮矣。其後，世世兵燹，紛失亂墜，未聞其傳。嗚呼，惜哉。」
按照林羅山的觀點，徐福初到日本，用蘆葦做筆，竹木牒做書，攥寫了文字。但當時大多數日本人並不認識，隨後因為戰亂頻繁，這些竹木文書全部遺失、損毀，因此至今無法找到徐福留下的文字。
1950年，日本人類學家組織全國各大學組建「日本族頭骨指數測定會」，對全國所有大學的學生進行頭骨測定，這項研究歷時長達6年整，總共有將近10萬人參加了測試，實驗數據存放在日本東京大學。
測試的結果表明，日本人的頭骨指數85%以上與中國江蘇、浙江、安徽福建、以及山東半島的頭骨指數相同。通過對被測對象的族源追蹤，可以追溯到2000年前中國東南沿海一帶的越族人，徐福當年所帶之人全是東南沿海一帶。由此，徐福為日本開國之祖可能性極大。