Os portugueses chegaram ao arquipélago (Indonésia) devido ao encorajamento econômico, religioso e aventureiro. O sucesso do Vasco da Gama atingiu Calcutá na costa oeste da Índia em 1497 abriu o caminho e o caminho para os portugueses chegarem ao arquipélago. Calcutá tornou-se o principal aeroporto de seda, canela, porcelana, cravo-da-índia, noz-moscada, pimenta, incenso e outras mercadorias. A maioria dos produtos comercializados provêm de comerciantes da Malaca.
A notícia da riqueza de Malacca levou o rei de Portugal a enviar Diego Lopes de Sequeira para ir a Malaca. No início, Sequeira foi recebida pelo sultão Mahmud Shah. No entanto, os comerciantes indianos muçulmanos conseguiram convencer o sultão de que os portugueses eram perigosos e constituíam uma grave ameaça para Malaca. O sultão então se virou para atacar Sequeira e expulsar o navio português das águas de Malaca.
O ataque de Malacca contra Sequeira e seus homens provocou a raiva dos portugueses. Os portugueses então enviaram o governador português da Índia, Alfonso d 'Albuquerque. Ele partiu de Goa em abril de 1511 para Malaca com uma força de cerca de 1.200 homens e 17-18 navios. A guerra entre Malaca e Portugal era inevitável. Os portugueses ganharam e conseguiram ocupar Malaca. Depois de conquistar Malacca com sucesso, os portugueses enviaram uma frota a Maluku sob a liderança de Francisco Serrao.
Os portugueses chegaram então a Ternate. Ali, eles mantinham uma aliança com as autoridades locais. Em 1522, os portugueses estabeleceram um escritório comercial completo com fortalezas em Ternate, além de obter um monopólio no centro das especiarias. Em vez disso, os portugueses tiveram que ajudar Ternate contra o Sultanato Tidore apoiado pela Espanha.
O domínio do comércio português no arquipélago não durou muito. Os portugueses vivenciam escassez de alimentos, recursos e recursos humanos. A posição portuguesa no arquipélago também é cada vez mais instável devido à ocorrência de disputas com vários sultanatos locais. A disputa surgiu como resultado da luta pela influência nos campos econômico, político e religioso. Na disputa, o centro de poder portugues em Malacca geralmente recebe ataques de vários impérios muçulmanos ao redor, como Aceh, Johor e Demak. Como resultado, a cidade de comércio, uma vez agitada, tornou-se solitária e os portugueses perderam.
As dificuldades enfrentadas pelos portugueses também enfraqueceram a sua posição em várias regiões do arquipélago. No final do século XVI, a posição portuguesa no arquipélago piorou devido ao surgimento de várias resistências dos governantes indígenas, de modo que seus interesses comerciais em Maluku e nas áreas circundantes degeneraram cada vez mais. Como resultado, eles voltaram sua atenção para as ilhas de Nusa Tenggara e eventualmente se estabeleceram em Timor. Finalmente, a idade de ouro dos portugueses no arquipélago desapareceu com a chegada dos holandeses que então assumiram suas posições.