"Містичний ніндзя 2" розповідає про головного героя Гоемона. Котрий вирушає в ному пригоду. Ігролад поєднує в собі звичайни платформер, з поправкою на 3D, із прокруткою вправо та локації із більшою свободою дій де можна ходити ширше й відвідувати різні магазини чи ще щось. Залежить від конкретної сюжетної місцевості.
Хлопака має якусь трубку, нею можна лупцювати всяку нечисть із якої випадають монети. Мотети мають подвійне призначення, оскільки є валютою розрахунку й метальною зброєю одночасно. Адже їх можна кидати у монстрів, а затиснувши клавішу й почекавши накопичення заряду, буде постріл більшьою сили. Звичайні 1 монета, а потужніші 3. Є подвійнис стирбок. Ще можна в якогось моба відібрати коника, котрий хвицяє задніми ногами, цікава завабка. Нажаль скакун не вміє збиратись на перешкоди рельєфу, тому може лише спускатись по них (як по ступенях). Тому далеко на ньому не заїхати.
Ігролад насичений різноманіттям та зміною обстановки, тож це вельми цікаво, як і деякі деталі. Із нюансів, деякі моби не закінчуються й з'являються постійно, тож доведеться пильнувати.