Beberapa tahun setelah peristiwa Madiun 1948, Ketua CC. PKI, D.N. Aidit, menggugat peristiwa itu atau yang lebih dikenal "Madiun Affair". Kabinet Mohammad Hatta dikecamnya sebagai pihak yang paling bertanggung jawab atas peristiwa tersebut, Ia menyebutnya sebagai "Provokasi Madiun".
Ia sempat menggugat peristiwa Madiun, tapi tidak pernah sempat menggugat peristiwa G30S 1965. Karena ia lebih dulu dieksekusi mati tanpa melalui proses pengadilan.