Melihat sejarah, islamisasi ilmu pemgetahuan ingin menghapus adanya ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu non-agama. Di sini yang dimunculkan adalah tauhidic approach yaitu kembali ke dasar ilmu itu sendiri yaitu tauhid. Di indonesia, islamisasi ilmu pengetahuan, agak terlambat masuk ke kampus IAIN, karena sejak era 1970-an, dominasi pemikiran studi islam didominasi oleh harun nasution. Pemikiran studi islam yang dikembangkan oleh Harun ini lebih banyak bertumpu pada aspek rasionalitas dan membuka wacana terhadap posisi ilmu kalam dan pengembangan studi falsafah.
Jika dikembalikan pada agenda islamisasi ilmu pemgetahuan, naka subtansinya adalah kembali pada hakikat keilmuan yaitu tauhid (keimanan). Karena, apapun pola keilmuan yang dipelajari harus membangkitkan semangat keimanan kepada Allah. Dapat dipahami bahwa ilmu dalam islam menjadi bagian penting dari kemajuan dan peradaban. Sebaliknya jika kita melihat peradaban islam, maka sebagian besar kemajuan tersebut ditentukan oleh tingkat perkembangan dunia ilmu pengetahuan. Di Aceh, kegemilangan negeri ini lebih banyak didapatkan dari khazanah intelektual. Dimana pengembangan ilmu di Aceh cukup pesat. Bahkan dasar-dasar pemikiran keilmuan yang menjadi agenda islamiaasi ilmu pengetahuan yang dikembangkan di Malaysia adalah berasal dati Syeikh Hamzah Fansuri dan Syeikh Burdin Ar-Raniry.
Selain itu, islamisasi ilmu pengetahuan sebenarnya sudah dimulai di Aceh. Melihat situasi studi islam di Aceh, baik yang formal maupun tidak, proses ini tidak mengalami perkembangan yang cukup signifikan. Untuk mendiskusikan persoalan islamisasi ilmu pengetahuan di Aceh pun masih sebatas wacana, belum sampai pada tahap filosofis atau agenda yang dikemukakan. Adapun dua tahap berikutnya adalah membebaskan manusia dari dominasi pikiran negara bangsa dan ideologi sekular. Secara ringkas dapat dinyatakan bahwa bahwa ada dua tahap besar ketika dilakukan proses islamisasi yaitu mengeluarkan manusia dari budaya-budaya yang sudah mengakar di dalam masyarakat.
Untuk membumikan islamisasi ilmu pengetahuan di Aceh, pada dasarnya ada beberapa hal yang perlu dilakukan. Pertama, membuka kembali khazanah intelektual klasik. Di sini perlu didirikan sebuah lembaga khusus yang mampu mengkaji secara mendalam aspek-aspek pemikiran dan peradaban dalam sejarah intelektual islam. Kedua, perlu dilakukan asal mula isu islamisasi ilmu pengetahuan adalah untuk menarik lagi ilmu-ilmu pengetahuan pada konteks keislaman. Di Aceh, agaknya masih sulit untuk menjabarkan apakah masyarakat Aceh perlu dengan ilmu dan pada saat yang sama, apakah mereka perlu dengan ilmu yang islami. Ketiga, perlu satu upaya untuk membangkitkan islamisasi ilmu pengetahuan melalui rekontruksi berpikir dan metodologi dalam studi islam, rekontruksi pikiran berupaya meletakkan tata pikir yang benar dalam memandang situasi ilmu. Tata pikir adalah wilayah kajian falsafah, yang kemudian melahirkan sistem berpikir manusia yang tauhid.