台灣獨立後的司法，是三權分立的司法。
廢除現有司法院，因為現行的司法院可以自行提案讓立法院為司法院立法，這樣只是圖利司法人員如法官及檢察官。並且現行的司法院不屬於人民，反而成為國家機器的打手，遭威權舊體制執政黨控制。
廢除司法院後，台灣共和國的最高司法機構就是最高法院，最高法院大法官，直接由新任的總理（內閣制，任命之）
台灣獨立建國後，開始漸漸鼓勵過度資深法官退休，並且享有台灣新國家的相對福利養老，並接受義務改革國家司法制度之諮詢。
另外，在台灣共和國的新國會（現立法院）內應該設立制法局，制法局之功能，在於落實國會的直接反應民意機制，民意需求什麼，由國會議員制法，並且人民在不滿情況，可以隨時啟動台灣共和國的公投機制，廢除或者增加法律。現行的通訊與資訊技術可以做到，人民可以在新國家新憲法下在國會制法局要求啟動李法機制! 真正達到以人民為主人的憲法要求!
真正的自由民主國家，重在人民參與，民意體現。
台灣共和國，必將實行陪審制度，對政府採取不信任態度！
陪審團制度，能夠達到人民法治的功用，防止法官專斷獨行。
任何犯法威脅人民與大眾安全，或者個人及團體利益者，各方可透過簡便程序提出告訴；人民，警察，檢察官均可讓檢察官起訴，然後交由陪審團（也就是人民）認定是否有罪，法官只是協助裁判。裁判，就不可以自己行自由心證加以政治迫害。
司法，重在保障人民權力，制衡行政權與立法權；如此，政治迫害，才能被遏止。司法的重點，在於防止自由心證，體現人民共識先立文字，防範犯法，並且依人民共識而調整，最高原則，是符合人性與民意。
司法，是一個天平，最大的目的在於維護台灣的公平與正義。
台灣獨立建國後的司法，是會符合台灣人追求公理正義與幸福未來的理想司法！