Pada bulan Oktober tahun 2009 dimasa pemerintahan Bupati H. Hasanuddin B, Masjid Agung At-Taqwa mulai dibangun ulang di atas lahan seluas 1,5 hekar, lokasinya kini sudah berada di pusat perkantoran Kabupaten Aceh Tenggara. Peletakan batu pertama pembangunannya dilakukan oleh Gubernur Provinsi Nangroe Aceh Darussalam. Pembangunan masjid ini menelan dana sebesar Rp 72 miliar, dari berbagai sumber dana termasuk dari sumbangan Gubernur
Aceh sebesar Rp 10 miliar, APBK Rp 7,5 miliar, sumbangan dari pengusaha Abu Rizal Bakhrie Rp 500 juta, pengusaha Lukman CM Rp 200 Juta, bantuan dari dana aspirasi anggota DPRA Rp 465 Juta dan sumbangan masyarakat Rp 56 Juta.
Masjid Agung At-Taqwa Kutacane diresmikan pada hari Jum’at tanggal 8 April 2016 oleh Sekretaris Daerah Provinsi Nangroe Aceh Darussalam, Dermawan bersama DPR RI, Ade Komaruddin, Bupati Aceh Tenggara, Ir. H. Hasanuddin dan dihadiri ribuan tamu undangan dari berbagai daerah di Aceh. Peresmian ditandai dengan pemukulan beduk dan penandatangan prasasti.
Masjid Agung At-Taqwa memiliki luas bangunan 2.675 m, berdiri di atas area seluas 14.118 meter persegi (1,5 hektare) dengan kapasitas mencapai 4.000 jamaah, menjadikan masjid ini sebagai masjid terbesar dan termegah di kabupaten Aceh Tenggara. Masjid ini juga dirancang tahan gempa dan diperkirakan mampu bertahan secara alami hingga 300 tahun dan tahan terhadap gempa berkekuatan hingga 9,0 Skala Richter.