ibdata1是MySQL使用InnoDB引擎时所产生的文件，其一般存储数据、索引、结构、缓冲数据、共享数据和重做日志等。因为ibdata1只增不减，长期操作数据库，可能会使其越来越大，而浪费空间。
加上使用InnoDB引擎时，没有添加innodb_file_per_table参数也是导致ibdata1过大的原因。
但InnoDB只增不减，也导致给ibdata1瘦身是件比较麻烦的事。
最大的我见过的是40多G的ibdata1文件，实际数据库差不多是20多G，在做了优化后，ibdata1缩小至20多G，所以说减肥还是有必要的。
首先，先略微说下innodb_file_per_table参数，使用该参数可使得InnoDB引擎转变为独立表空间模式（默认为共享表空间），也就是每个数据库的每个表都会生成一个数据空间，就像MyISAM引擎一样。
独立表空间优点就是每个表有独立空间，数据和索引都会存在自已的表空间中，可以实现单表在不同的数据库中移动。重要的是空间可以回收，而且不管日常怎么操作，表空间的碎片不会太严重的影响性能，优化表的速度也快，表文件出现问题不会大动干戈，只要修复对应表即可。缺点是单表占用的空间比共享表空间方式稍大，共享表空间在Insert操作上有一些优势。
所以没增加innodb_file_per_table参数的同学，建议还是加上吧。因为增加innodb_file_per_table参数，与我们后续给ibdata1瘦身并无冲突，而且对以后也只有好处。
说了这么多废话，言归正传。谈谈怎么给ibdata1瘦身，唯一的方法是就是备份整个数据库，然后删掉ibdata1和ib_logfile*，再恢复数据库，以此达到瘦身目的。当然了，操作数据库肯定是有风险的，而且也需要生产环境允许MySQL暂停写或访问。
简单的总结就是以下这几点：
1.在/etc/my.cnf中添加“innodb_force_recovery=4”使InnoDB成为只读表，这其实应该说是第一个坑。另外确定“innodb_data_file_path”参数限定的初始ibdata1大小在合理范围，一般稍大于现有数据大小。
2.启动MySQL，使用我给的工具备份除了mysql、information_schema和performance_schema的整个数据库。为以后顺利恢复数据做准备。
3.删除除了mysql、information_schema和performance_schema的整个数据库，这3个排除在外的其实也删不掉。
4.停止MySQL，删除ibdata1和ib_logfile文件。
5.删除数据库目录中的mysql目录的innodb_index_stats.、innodb_table_stats.、slave_master_info.、slave_relay_log_info.、slave_worker_info.文件，这5个是InnoDB的基础表（状态表），这是MySQL 5.6的坑，删除ibdata1后不会自动重建这5个表，而且如果不删除这些旧文件，还不可创建或重建新的。
6.在/etc/my.cnf把“innodb_force_recovery=4”去除。
7.启动MySQL，将第2步备份的数据库还原，然后用从MySQL 5.6导出来的InnoDB基础表备份还原回去重建（第5步删掉的）。
8.搞定，重启下MySQL，确保没有错误，没有异常。
必要的工具，在文末的Github地址下载。
下面详细说说每个步骤，首先是设置InnoDB为只读表，这还是比较必要的。可确保你的数据完整性、安全性。为何是坑呢，因为我遇到过没这样设置，导致后续恢复备份时，数据有异常。
具体操作，在/etc/my.cnf中添加“innodb_force_recovery=4”
...
[mysqld]
...
innodb_force_recovery = 4
...
如此便可，innodb_file_per_table也是在[mysqld]下添加。
innodb_force_recovery的值可以设置为1-6，大的数字包含其前面所有数字的影响。
- (SRV_FORCE_IGNORE_CORRUPT):忽略检查到的corrupt页。
- (SRV_FORCE_NO_BACKGROUND):阻止主线程的运行，如主线程需要执行full purge操作，会导致crash。
- (SRV_FORCE_NO_TRX_UNDO):不执行事务回滚操作。
- (SRV_FORCE_NO_IBUF_MERGE):不执行插入缓冲的合并操作。
- (SRV_FORCE_NO_UNDO_LOG_SCAN):不查看重做日志，InnoDB存储引擎会将未提交的事务视为已提交。
- (SRV_FORCE_NO_LOG_REDO):不执行前滚的操作。
接着呢，启动MySQL，备份整个数据库，一般我们会用
mysqldump --lock-all-tables --all-databases > all-dbs.sql
来完整备份数据库。但这样的话，就包含了mysql、information_schema和performance_schema这3个数据库，而在后续还原数据库，带着这3个数据库可能会出错（我有几次遇到过）。
所以我提供了shell脚本工具mysql_dump_all_db.sh，因为怕大家不像我是免密码操作MySQL的，在使用工具前，请先修改脚本中的MySQL帐号和密码，然后再通过
sh mysql_dump_all_db.sh
执行备份操作，备份好的文件，会存放在脚本运行所在目录。
这个工具默认排除mysql、information_schema和performance_schema这3个数据库，如果你有其他想排除的，可以直接修改脚本，增加其他想要排除的数据库。
完了之后呢，删除所有数据库，可以通过phpMyadmin或直接在shell操作MySQL删除，在shell下删除，可以在/tmp/DatabasesToDump.txt查看到所有数据库，由“mysql_dump_all_db.sh”生成。我一般在phpMyadmin删除，简单，不怕错。如你所见，mysql、information_schema和performance_schema这3个数据库是删不掉的，所以要排除，免得麻烦。
搞定后，就可以停止MySQL了。删除数据库目录的ibdata1和ib_logfile*文件，一般是在/usr/local/mysql/data，看你怎么配置的了。
接着，在该目录下的mysql目录（/usr/local/mysql/data/mysql）中，把innodb_index_stats.、innodb_table_stats.、slave_master_info.、slave_relay_log_info.、slave_worker_info.*共计10个文件删除，这些文件已经无用了，而且占着茅坑不拉屎。MySQL 5.6很煞笔的不会重建这5个表，如果你不删除他们，待会将无法重建或恢复这5个表，接着log一直在报错，死循环。所以要把这5个表的10个文件干掉。所以这个是个坑。
在/etc/my.cnf把“innodb_force_recovery=4”去除后，就可以启动MySQL了，这时候ibdata1和ib_logfile*文件会重建。噢，上帝，胜利在望，不要激动，让我们继续吧。
把刚才备份的所有数据库还原，用从MySQL 5.6导出来的InnoDB基础表备份还原回去重建。
我在后面的Github地址有提供，从全新 MySQL 5.6导出的，名字为“mysql_innodb_basic_tables.sql”的备份文件，通过它可以重建刚才删掉的5个InnoDB基础表。
还原数据库文件非常简单，不过我还是略微写下，照顾下小白，在shell下：
mysql < all-dbs.sql
mysql < mysql_innodb_basic_tables.sql
这样就OK了，如没有免密码操作权限，请自行添加-u和-p参数。
好的，做完这些，重启下MySQL，确保没有错误即可。这样就完成了对ibdata1的瘦身。
以上操作环境为：CentOS 6.6 x64、MySQL 5.6.25。
工具存放在Github中（原谅我的渣英文），见： https://github.com/kn007/Reduce-Shrink-Purge-the-ibdata1-file-in-MySQL
写这篇文章就是为了大家少走一点弯路，也把自己遇到的坑说一下。算是个总结，也是给后人的一些经验。原则上不提供技术支持，有问题请自行解决。另外毕竟是数据库，瘦身有风险，操作需谨慎。