Jeśli używasz Dockera to najprawdopodobniej będzie lepszym wyborem personalnie dla Ciebie. WSL ma pewne ograniczenia, np.: MongoDB nie działa (ponieważ WSL jest oparty o mocno zmodyfikowany kernel), lecz tą bazę danych możesz odpalić na Windowsie. Zalecane jest również trzymanie plików nie wewnątrz WSL, a na "fizycznych" partycjach Windowsa, szybciej to działa. Rozwiązaniem tych problemów jest Docker lub nadchodzący WSL2 który jest już normalnym linuxem postawionym na HyperV, więc wyżej wymienione problemy znikają. WSL ma taką zaletę dla nie zaznajomionych z Dockerem (lub nie używających go ze względów praktyczności, nie każdemu Docker potrzebny), że jest bardzo proste w instalacji i obsłudze oraz działa bez kombinowania na Win 10 Home.