Limitações físicas ele não possui, até porque não é ente físico. A limitação que possui, e esta o próprio Tomás de Aquino afirmava, é a lógica. Por exemplo, agir e não agir, pensar e não pensar, criar e não criar, relativos a um mesmo objeto.

Quanto à segunda parte, cabe dizer que se o bem consiste em algo tão somente terreno, então, sim, tal divindade seria má por permitir tal ato. Alguém poderia argumentar, entretanto, que o fim último do homem não é o bem terreno, mas o bem eterno. Outra coisa:

O que seria o mal, numa ótica ateísta?