Hubungan dagang Kerajaan Aceh dengan Portugis sempat membaik beberapa tahun, tapi kemudian kembali berperang mempertegas eksistensi masing-masing di Selat Malaka.
Banyak literasi Eropa yang menjelaskan tentang maju mundurnya hubungan antara Kerajaan Aceh dengan Portugis, salah satunya seperti ditulis RO Winstedt dalam bukunya A History of Malaya. Buku ini diterbitkan di London pada tahun 1935.
Sebagaimana dikutip oleh sejarawan Aceh Rusdi Sufi (1988) pada halaman 78 buku itu RO Winstedt menjelaskan bahwa pada tahun 1547 Kerajaan Aceh melakukan penyerangan pertama kali terhadap kedudukan Portugis di Malaka. Dalam penyerangan ini berhasil menenggelamkan dua buah kapal Portugis yang berada di pelabuhan Malaka dan juga berhasil mendaratkan tentaranya di sana serta mengepung Portugis yang hanya bertahan di dalam bentengnya. Kerajaan Aceh mengultimatum penguasa Portugis yang berada di benteng yaitu Simao de Mello supaya menyerah kepada pihak Aceh.
Lukisan armada perang Aceh di Selat Malaka Sumber
Sejarawan lainnya A Macgregor dalam A Portuguese Sea Fight Near of Singapore, JMBRAS, Vol XXIX Part 3, 1957 halaman 6 mengungkapkan, untuk menghadapi serangan Kerajaan Aceh itu Portugis kemudian mendapatkan bantuan yang datang dari Goa dan juga dari kerajaan Johor. Dengan demikian pasukan Aceh terpaksa menarik diri dari Malaka. Karena kerajaan Johor telah membantu pihak Portugis, maka pada tahun 1564, Aceh menyerang kerajaan itu dan berhasil mendudukinya. Sultan Johor terbunuh dalam penyerangan itu dan sejumlah tawanan dari Johor di angkut ke ibu kota kerajaan Aceh. Untuk beberapa tahun Johor menjadi vazal kerajaan Aceh.
Kemudian DGE Hall dalam buku A History of South East Asia, yang terbit di London pada tahun 1960, pada halaman 284 buku menjelaskan, tindakan Aceh menyerang dan menguasai Kerajaann Johor si Semenanjung Melayu itu dilakukan sebagai persiapan untuk menyerang kembali Portugis di Malaka.
Sultan Aceh menguasai Johor agar kerajaan itu tidak memiliki berkesempatan untuk membantu Portugis seperti pada penyerangan tahun 1547. Sementara itu Portugis memperbesar kekuatannya di Malaka dan mengatur persiapan untuk menyerang balas kota Bandar Aceh. Don Antonio de Noronda penguasa Portugis yang baru untuk Malaka, dalam tahun 1564 telah memperoleh informasi tentang Kerajaan Aceh yang telah membentuk suatu persekutuan dengan beberapa kerajaan Islam untuk menentang Portugis.
Kerajaan Aceh kemudian menyusun langkah-langkah untuk mengusir Portugis dari kawasan Selat Malaka, salah satunya dengan memperkuat angkatan perang terutama armada lautnya. Hal ini dilakukan di bawah kuasa Sultan Alaudin Riayat Syah al Kahhar (1537-1571). Untuk tujuan ini, salah satu cara yang ditempuh adalah menjalin hubungan dengan kerajaan Islam terkemuka pada waktu itu, yaitu Turki. Dengan harapan kerajaan ini akan memberi bantuan militer kepada Aceh.