А что помешало погрузить все ресурсы в транспортники и отправить в сейв с остальным боевым флотом?
У меня в начале игры такое было лишь раз. Я тогда не успел транспортников настроить и большое количество ресурсов нельзя было увезти. Пришлось тратить на всякое. Но если бы были транспортники, то обязательно бы засейвил.