Malahayati adalah putri dari Laksamana Mahmud Syah bin Laksamana Muhammad Said Syah. Sedangkan kakeknya merupakan putra Sultan Salahuddin Syah yang memimpin Aceh pada 1530-1539.
Tak mengherankan bila kemudian Malahayati akrab dengan dunia angkatan laut. Sebelum memimpin peperangan, ia sempat mengenyam pendidikan akademi militer dan memperdalam ilmu kelautan di Baital Makdis atau Pusat Pendidikan Tentara Aceh.
Saat itu, Malahayati bertemu dengan seorang perwira muda yang kemudian menjadi pendamping hidupnya. Dalam suatu perang melawan Portugal di Teluk Haru, armada Aceh sukses menghancurkan para prajurit bangsa Portugis. 
