Las sinalefas se tienen en cuenta, claro.
Respecto a su duda, la sinalefas siempre se cuentan a no ser que el acento rítmico recaiga sobre una de esas sílabas en concreto, por ejemplo: "tan-to_es_su_co-lor" (6 sílabas).
En ese caso, en "es" recae un acento rítmico y no forma una sinalefa; pero no es una licencia que pueda aplicar o no; siempre hay que tenerla en cuenta.
A diferencia de ello, la diéresis o sinéresis sí las puede aplicar a su antojo y obviamente el lector o evaluador también tiene que saberlo y tenerlas en cuenta.