Sejarawan Aceh guru besar di Leiden University, Belanda, Prof Dr Teuku Iskandar mengupas asal usul Sultan Iskandar Muda dari keterangan dalam “Hikayat Aceh”. Hikayat ini ditulis mengagung-agungkan Sultan Iskandar Muda. Sesudah menceritakan asal-usul Raja-raja Aceh yang bersifat mitos diberilah silsilah Iskandar Muda dari pihak ayah dan ibu.
Dalam hikayat itu dijelaskan asal nasab bundai Seri Sultan Perkasa Alam Johan Berdaulat itu, bahwa Sultan Inayat Syah yang kerajaan di Darul Kamal itu beranakan Sultan Firman syah Paduka Marhum Sayid al-Mukammil. Maka Paduka Marhum Sayid al-Mukammil itu beranakkan Paduka Syah Alam, bundai Sultan Perkasa Alam. Adapun raja Muzaffar Syah yang seayah sebundai dengan Raja Munawar Syah itu beranakkan Raja Syamsu Syah. Maka Raja Syamsu Syah itu beranakkan Sayid al-Marhum. Maka Sayid al-Marhum itu beranakkan Paduka Marhum. Maka Paduka Marhum itu beranakkan Marhum Muda.
Prof Dr Teuku Iskandar Sumber
Kata yang bercerita: Bahwa Raja Muzaffar Syah ayah datu Perkasa Alam daripada pihak Ayah itu Raja Makota Alam. Dan Raja Inayat Syah yang ayah datu Perkasa Alam dari pada pihak bundai itu raja di Darul-Kamal. Maka segala hulubalang yang gagah dan segala rakyat yang tiada terhisab banyaknya yang dalam negeri Aceh Darussalam itu sekaliannya bahagi dua, maka ada ngantarai dari pada dua raja itu suatu sungai, setengah kepada raja Mahkota Alam, setengah kepada Raja Darul Kamal. Maka Raja Muzaffar itu senantiasa berperang jua dengan Raja Inayat Syah.
Menurut Hikayat Aceh silsilah Iskandar Muda dari pihak Ayah adalah: Sultan Inayat Syah, Sultan Firman Syah Paduka Marhum, Paduka Marhum Sayid al-Mukammil dan Paduka Syah Alam (Ibu Iskandar-Muda). Dan dari pihak Ayah; Raja Muzafar Syah, Raja Syamsu Syah, Sayid al-Marhum, Paduka Marhum dan Marhum Muda (Ayah Iskandar Muda).
Menurut Prof Dr Teuku Iskandar, dari penyelidikan-penyelidikan yang telah dilakukan oleh Prof Hoesein Djajadiningrat dan Moquette silsilah Iskandar Muda adalah sebagai berikut. Dari pihak ibu; Inayat Syah, Muzafar Syah, Firman Syah, Alaudin Ri'ayat Syah (Sayid al-Mukammil) dan Puteri Raja Indera Bangsa; dari pihak Ayah: Munawar Syah, Syamsu Syah, Ali Mughayat Syah, Alauddin Ri'ayat Syah, Abangta Abdul Jalil dan Sultan Mansur.
Sebagai kesimpulan dapat dikatakan bahwa Hikayat Aceh tidak terdapat nama Muzaffar Syah dalam silsilah pihak ibu tetapi dalam silsilah pihak Ayah. Sedangkan dalam silsilah pihak ayah tidak terdapat Munawar Syah. Jadi Muzaffar Syah dari silsilah tidak terdapat Munawar Syah. Jadi Muzaffar Syah dari silsilah pihak ayah sebenarnya harus pihak ibu sedangkan Munawar Syah dari silsilah pihak ibu harus di pihak ayah.
Raja Syamsu Syah negeri Mahkota Alam (Menurut Hikayat Aceh Raja Muzaffar Syah, ini tidak mungkin karena ia anak Inayat Syah). Karena tidak ada yang menentang Syamsu Syah berperang dengan Raja Inayat Syah negeri Darul Kamal. Meminang Puteri Inayat Syah untuk puteranya Ali Mughayat Syah, dan waktu mengantar pengantin laki-laki ke Darul Kamal dimasukannya senjata dalam perarakan dan dengan demikian dapat mengalahkan Darul Kamal.
De Hikajat Atjeh Sumber
Menurut Hikayat Aceh Raja Inayat Syah takluk pada Sultan Syamsu Syah (disebut Muzafar Syah) dan kata Hikayat Aceh lagi: Kata yang bercerita: Setelah terserahlah Aceh kepada tangan Raja Muzafar Syah (baca Syamsu Syah) itu, Mak Raja Muzafar Syah (Syamsu Syah) memerintahkan sesuatu pekerjaan hulubalang Aceh Darussalam dan sesuatu pekerjaan yang menyelenggarakan negeri Aceh itu. Mulai dari masa inilah digunakan nama Aceh Darus-Salam oleh Hikayat Aceh, jadi sesudah disatukan Makota Alam dan Darul-Kamal. Dalam pertempuran untuk mempersatukan Aceh itu agaknya Muzafar Syah, putera Inayat Syah, gugur (1497) dan dimakamkan bukan di ibunegeri, karena sudah takluk pada Syamsu Syah, tetapi di Biluy. Pasti sesudah lahirnya nama Aceh Darus-Salam lahir pula nama Bandar Aceh Darussalam sebagai ibu negeri.
Karena itu Prof Dr Teuku Iskandar berkesimpulan, kalau diambil “Adat Aceh” sebagai dasar maka hari dipindahkan dalam istana dari Kandang Aceh ke Darul Dunia, istana masih wujud sampai ke zaman Perang Aceh, dapat dianggap sebagai hari jadi ibu kota Aceh. Yang sukar adalah untuk menetapkan tanggalnya. Hanya diketahui bahwa hal tersebut terjadi dalam pemerintahan Sultan Mahmud Syah, antara 4 Sya'ban 665 (12 Mei 1265) dan 12 Rabi-ul-awal 708 (30 Agustus 1308).
Sementara itu mengenai adanya Raja-raja Aceh sebelum Sultan Ali Mughayat Syah, yang diceritakan dalam Bustanus Salatin, tidak disangsikan lagi. Akan tetapi tanggal-tanggal di atas disangsikan kebenarannya, kalau bandingkan tarikh-tarikh yang terdapat dalam “Adat Aceh” dengan tarik-tarikh dalam Bustanus Salatin. Lagi pula kesahihan nama Raja-raja sebelum Sultan Salahuddin dalam silsilah ini belum dibuktikan.
Kemungkinan kedua menurut Prof Dr Teuku Iskandar, apa yang dikatakan oleh Bustanus Salatin, yakni Ali Mughayat yang pertama mengempu negeri Aceh Darussalam dan mula-mula memasukkan agama Islam, tidak dapat dipertahankan. Ali Mughayat bukanlah Raja Yang pertama di Aceh, ayah Ali Sultan Syamsu Syah sudah memerintah di Mahkota Alam dan mengalahkan Darul Kamal serta menyatukan Darussalam.
Kemungkinan ketiga menurut Prof Dr Teuku Iskandar adalah ketika disatukan Mahkota Alam dan Darul Kamal menjadi Aceh Darussalam dengan ibukotanya Bandar Aceh Darussalam. Peristiwa ini berlaku dengan penaklukan Darul Kamal oleh Mahkota Alam. Dalam peristiwa ini Putera Sultan Inayat Syah, Sultan Muzafar Syah, gugur.
Tarikh gugurnya ini tercatat pada batu nisannya di Biluy, tanggal yang tepat tidak ada pada saya sekarang ini, tetapi tahunnya ialah 1497. Hal ini dapat dilihat pada artikel Prof Hoesein Djajadiningrat, Critisch Overzicht Van de in de Malaische Werken Ver vatte Gegevens over de Geschiedenis van hat Soeltanaat van Atjeh, yang diterbitkan pada tahun 1911.