Dalam Acehnologi 6 KBA menjabarkan hubungan Aceh-Jawa yang telah terjadi sejak seribuan tahun lebih sebagai hubungan rivalitas. Kontak antara Aceh dan Jawa misalnya dimulai dari sejak fase pra-kolonial, fase kolonial, fase pra-orde baru, fase orde baru hingga fase revormasi. Hubungan ini kemudian terjalin berkelindan dan saling mempengaruhi. Hanya saja, dalam hal ini jawa lebih banyak memberi pengaruh kepada Aceh daripada Aceh sendiri. Adapun pengaruh Aceh terhadap Jawa menurut KBA (mengikuti teori Simuh) adalah pengaruh ajaran Islam Mistik Shams Al-Din Al-Sumatra’i yang kemudian bertransformasi kedalam ajaran Islam Kejawen. (Acehnologi v.5:1253)
Pada masa Orde baru, dalam tatanan Budaya dan Politik, Jawa banyak mempengaruhi Aceh. Sedangkan dalam tatanan intelektual keagamaan, Aceh memberi kontribusi yang cukup besar Pulau Jawa. Mengikuti Simuh, KBA kemudian menyimpulkan bahwa Hamzah Fansuri melalui muridnya Syamsuddin As-Sumatrani memberi pengaruh bagi perkembangan tasawuf di Jawa. (Simuh, 1988:326)
Pengaruh Jawa dalam tatanan politik dan budaya misalnya penggunaan arah mata angin dalam penamaan tempat seperti Aceh Timur, Aceh Utara dan Aceh Selatan. Begitupun penamaan penggunaan bahasa sanskerta seperti Indrapuri, Gandapura dan Indrajaya. Begitupun pengaruh Jawa dalam pasar dan sekolah seperti Pasar Inpres, Sekolah Inpres dan mesjid Pancasila (Acehnologi v.5: 1258-1263). Hanya saja kemudian KBA rupanya menyamaratakan identitas politik Jakarta secara khusus dan Indonesia secara umum sebagai identitas politik Jawa yang “menjajah” Aceh dan wilayah-wilayah lainnya di luar Pulau Jawa. Pembacaan ini tentunya harus disikapi secara berhati-hati supaya tidak menimbulkan sentiment yang justru memecah-belah persatuan bangsa.
Dalam hal ini, KBA tentu tidak ingin memancing sentiment kedaerahan apalagi memunculkan perpecahan. Namun KBA ingin menjelaskan bahwa ada persoalan-persoalan akut kebangsaan berkenaan dengan absennya kultur budaya non-Jawa dalam pembentukan identitas kebangsaan sendiri. KBA tidak ingin ada kepincangan lantaran keindonesiaan terlalu didominasi oleh narasi Jawa yang justru memiskinan integritas dan persatuan. Bagi KBA, persoalan identitas kebangsaan yang selama ini yang terlalu didominasi oleh falsafah Jawa nyatanya belum selesai. Sehingga perlu dibuat rekonstruksi dan pemaknaan ulang yang melibatkan keterwakilan entitas budaya lainnya. Hal ini menjadi penting demi terciptanya pola kebudayan yang kokoh dan tidak mudah diadu domba oleh kekuatan luar.
Keprihatinan demikian, selain diutarakan dalam Acehnologi 5 juga pernah disebut dalam Strategi Kebudayaan Untuk Bangsa dan Masa Depan Dunia.
KBA menuliskan:
Pemaksaan sistem berfikir dari suatu suku bangsa di dalam mewujudkan kebudayaan Indonesia, disadari atau tidak, telah memicu arah perpecahan bangsa Indonesia sendiri. Sistem berfikir dari suatu suku bangsa yang telah menjadi falsafah bernegara, ternyata tidak mampu menghadapi kepungan sistem berfikir dari luar ataupun sistem berfikir suku bangsa yang menjadi oposan. (2014:16)
Inilah yang menurut KBA menjadi persoalan bangsa Indonesia. Menjadi manusia Indonesia seolah adalah tentang bagaimana menjadi orang Jawa. Dalam Masa Depan Dunia, KBA menuliskan bahwa selalu muncul bagaimana kebanggaan menjadi orang Jawa sebagai Indonesia. Seolah ketika mendiskusikan Indonesia, orang Jawa-lah yang paling digdaya. Kebanggaan sebagai Jawa dan Indonesia selalu berada dalam teritorial Pulau Jawa. (2018:364) Hal ini pada gilirannya bukan saja meminggirkan peran “suku lain” dalam pembentukan identitas bangsa, tapi juga memiskinkan narasi identitas itu sendiri, dari kekayaan khazanah yang seharusnya dapat memperkokoh sistem berfikir dan sistem nilai bangsa Indonesia dari perpecahan internal maupun serangan dan pengaruh budaya luar.
