Atatürk, 15-17 Eylül 1924 tarihlerinde Trabzon’u ilk kez onurlandırdığında bu gün Trabzon Müzesi olarak düzenlenen konakta ağırlanmıştır.15 Eylül günü Soğuksu semtine yaptığı gezintide Köşkü görmüş ve çok beğenmiştir. 27–29 Kasım 1930 tarihlerinde Trabzon’u ikinci kez onurlandırdığında da Eski Türk Ocağı binasında ağırlanmıştır.
Daha sonra gerekli çalışmalar sürdürülerek bina 1930 yılında Trabzon Özel İdaresince tescil edilerek İl Daimi Encümeninin 18.5.1931 tarih ve 361 sayılı kararıyla Cumhurbaşkanı Gazi Mustafa Kemal Paşa Hazretlerine “ temlik” edilmiştir. Daha sonra Trabzon’dan oluşturulan bir heyet Ankara’ya giderek köşkün tapusunu ve anahtarını Atatürk’e teslim etmiştir.
Atatürk, 10–12 Haziran 1937 tarihlerinde üçüncü ve son kez Trabzon’u onurlandırdığında ise, iki gece bu Köşkte kalmıştır.
Atatürk’ün ölümünden sonra Köşk, Ankara Asliye Hukuk Hakimliğinin 7.12.1938 tarih ve 938/2509 Esas ve 1627 sayılı kararı ile yasal varisi, kardeşi Makbule Boysan’ a intikal ettirilmiştir. Köşkün müzeye dönüştürülmek amacıyla Trabzon Belediyesince Makbule Boysan’dan satın alınması, Trabzon Asliye Hukuk Hakimliğinin 6.8.1942 tarih ve 476/284 nolu kararıyla gerçekleştirilmiş olup; istimlak bedeli olarak 10.000. TL Makbule Boysan adına Ziraat Bankası hesabına 30.3.1943 tarih ve 673 sayılı makbuzla yatırılmıştır. Bina 1943 yılından itibaren müzeye dönüştürülerek hizmete açılmış olup halk arasında “Atatürk Köşkü” adıyla anılmaktadır.
